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      第一性原理計算常見軟件介紹

      第一性原理計算方法即從頭算。它的基本思想是將多個原子構(gòu)成的體系看成是由多個電子和原子核組成的系統(tǒng),并根據(jù)量子力學的基本原理對問題進行最大限度的“非經(jīng)驗性”處理。它只需要幾個基本常數(shù)就可以計算出體系的能量和電子結(jié)構(gòu)等物理性質(zhì)。第一性原理計算可以確定已知材料的結(jié)構(gòu)和基礎(chǔ)性質(zhì),并實現(xiàn)原子級別的精準控制,是現(xiàn)階段解決實驗理論問題和預測新材料結(jié)構(gòu)性能的有力工具。不過,第一性原理計算效率低下,常需引入一些經(jīng)驗參數(shù),來提升計算速度和擴大計算規(guī)模,但會不可避免地犧牲一定的計算精度。

      第一性原理計算不需要開展真實的實驗,極大地節(jié)省了實驗成本,現(xiàn)已被廣泛應用在化學、物理、生命科學和材料學等領(lǐng)域。

      第一性原理計算常用軟件

      01 USPEX

      一種專門用于結(jié)構(gòu)預測的進化算法,結(jié)合外部電子結(jié)構(gòu)計算程序(VASP,SIESTA和GULP等)來尋找從頭算全局自由能最小值。采用遺傳操作、原子置換、晶格突變等算子來得到嘗試子結(jié)構(gòu),并對子結(jié)構(gòu)進行篩選,只保留其中若干比例“優(yōu)質(zhì)”的結(jié)構(gòu)參與下一代的遺傳進化過程,從而快速地收斂到穩(wěn)定相。

      優(yōu)點

      ①成功地實現(xiàn)了對于任意給定溫度、壓強條件下,僅從材料化學成分組成進行晶體結(jié)構(gòu)預測

      ②無需實驗數(shù)據(jù),僅從材料的化學成分出發(fā)預測晶體結(jié)構(gòu),特別適用于高溫、高壓等極限條件下的結(jié)構(gòu)預測。

      ③支持各種晶胞結(jié)構(gòu)的搜索。可以由實驗得到的晶胞結(jié)構(gòu)開始搜索,如晶胞參數(shù)、晶胞形狀、晶胞體積等;也可以由已知和假設(shè)結(jié)構(gòu)開始搜索。

      ④通過幾片結(jié)構(gòu)的空間粘連,部分保留并考慮了原子的局域排布信息。反映了晶體中強的短程相互作用和當前一代的信息。對于處理較大的體系具有明顯優(yōu)勢。

      ⑤置換算法提供了用戶自定義哪種原子相互交換的功能,別適用于具有長程化學和似的不同種原子構(gòu)成的體系。

      02 Materials Studio

      Materials Studio是專門為材料科學領(lǐng)域研究者開發(fā)的一款可運行在PC上的模擬軟件。

      MS包含多種模塊,其核心模塊是visualizer,可運行于客戶端PC,支持windows和Linux等系統(tǒng)。

      MS包含有許多重要的功能模塊,例如進行第一性原理計算的CASTEP模塊,進行分子動力學計算的DMo13模塊,進行幾何機構(gòu)優(yōu)化與預測的GULP模塊等等。

      03 VASP

      只能計算。建模和結(jié)果分析要依靠其他程序。

      VASP是維也納大學Hafner小組開發(fā)的進行電子結(jié)構(gòu)計算和量子力學-分子動力學模擬軟件包。

      VASP通過近似求解Schrodinger方程得到體系的電子態(tài)和能量,既可以在密度泛函理論(DFT)框架內(nèi)求解Kohn-Sham方程(已實現(xiàn)了混合泛函計算),也可以在Hartree-Fock(HF)的近似下求解Roothaan方程。

      VASP采用周期性邊界條件(或超原胞模型)處理原子、分子、團簇、納米線(或管)、薄膜、晶體、準晶和無定性材料,以及表面體系和固體的問題。

      04 Gaussian

      Gaussian是一個功能強大的量子化學綜合軟件包。主要功能有對分子結(jié)構(gòu)和能量、過渡態(tài)的能量和結(jié)構(gòu)化學鍵和反應能量、分子軌道、原子電荷和電勢、紅外和拉曼光譜等的計算。

      研究周期性體系:Gaussian擴展了化學體系的研究范圍,它可以用周期性邊界條件的方法(PBC)模擬周期性體系。

      預測光譜:Gaussian可以計算各種光譜和光譜特性。包括:IR和Raman;預共振Raman;紫外-可見等等。

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